De verbouwing wordt in 3 fasen uitgevoerd waartoe de ruimte in 3 zones is verdeeld. Er wordt steeds aan één zone tegelijk gewerkt, de rest van de ruimte blijft open voor publiek. Om het verlies aan studieplekken te compenseren zullen op diverse plekken kasten worden weggehaald waar studieplekken voor in de plaats komen.  

De totale doorlooptijd van het project zal ruim een jaar bedragen; het streven is om vóór 2014 klaar te zijn. Elke fase neemt ongeveer 4 à 5 maanden in beslag.

Tijdens de verbouwing blijft de collectie zoveel mogelijk toegankelijk. Telkens zal een gedeelte van de boeken tijdelijk in de Noordhal worden geplaatst.

Op 21 mei 2012 zijn we gestart met de collecties uit de studiezalen Nederlands, Slavistiek, Geschiedenis, Bibliotheekwetenschap, Mediastudies, Godsdienstwetenschap, Wijsbegeerte, Wetenschapsgeschiedenis, Archeologie en Kunstgeschiedenis. Deze collecties worden dan verplaatst naar de Noordhal. Het desbetreffende gedeelte van de studiezalen wordt dan afgesloten voor publiek.

De studiekabinetten, die zich in dat zaaldeel bevinden, zijn tijdens de verbouwing niet beschikbaar.

Eind december worden de boeken vanuit de Noordhal voorzover relevant terug geplaatst naar het inmiddels verbouwde deel van de studiezaal.

In januari 2013 start fase 2 en in mei 2013 begint de laatste fase van dit omvangrijke verbouwingsproject. De gehele verbouwing is naar verwachting in het najaar van 2013 gereed.